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於1970年代出土的秦代文獻《睡虎地秦簡》和《放馬灘秦簡》，其中已用動物與地支相配，和如今的生肖差別很小，大部份的動物都已經相同。如放馬灘秦簡甲種《盜者篇》所載生肖順序為：鼠、牛、虎、兔、蟲、蛇、馬、羊、猴、雞、犬、豕；《睡虎地秦簡》所載生肖順序為鼠、牛、虎、兔、（缺文）、蟲鹿、馬、羊、猿、雉、老羊、豕。

在早期提到12生肖的文獻中與現今版本略有不同，例如：龍不存在，其位置由蟲代替。

東漢王充（西元27-97年）在西元1世紀期間所著《論衡》也有十二生肖。雖然沒有明白的表示順序，我們可以依據內文的關係推論出：子鼠、丑牛、寅虎、卯兔、辰龍、巳蛇、午馬、未羊、申猴、酉雞、戌狗、亥豬等順序。^註[3]

關於生肖來源的傳說有很多版本，但幾乎所有版本都無法查證其來源，以下是其中一個被認為流傳得最廣的版本：

話說上古時代，人類知識有限，連年、月的計算與區分都不知道。於是玉皇大帝應人類的請求，想出以十二種動物來做各年的名字，讓一般平民百姓方便記憶。但選什麼動物呢？經過左思右想，玉帝決定在自己生日當天辦個動物渡河比賽，取前十二名的動物作為十二生肖，以為紀年。

消息傳開後，所有動物無不卯足勁，躍躍欲試，想在十二個生肖裏取得一席之地。其中，感情很好的小老鼠和小貓咪也想赴會，卻苦於體形小又不會游泳。於是便商請平日早起又脾氣溫和的水牛幫忙載牠們一程。

玉帝生日當天一大早，小老鼠去叫醒睡眼惺忪的小貓咪。可是小貓咪醒不來，水牛就叫老鼠不要理會他，趕快啟程。就在他們快到達終點時，水牛心裡想著「得第一」的念頭，於是利用牛角把老鼠甩落到後面，水牛心情愉快地笑著。

可是，小老鼠卻剛好掉在竹技上，將小老鼠反彈向終點方向，因此超越了水牛，成為第一。

水牛氣呼呼地對著老鼠「哞、哞」叫，得到第二名。老虎全身濕答答的趕來，得到第三。兔子透過別的動物幫忙渡河，再飛快的蹦到玉帝面前，取得第四。因為職責所在，降了場雨才趕來赴會的巨龍，錯過第一，只排到第五。而後依序是蛇、馬、羊、猴、雞、狗。最後一個名額，由平日好吃懶做的小豬取得。

正當玉皇大帝鄭重宣布：「十二生肖經由比賽結果，排名是：鼠、牛、虎、兔、龍、蛇、馬、羊、猴、雞……」時，落水的小貓咪狼狽的趕到：「我呢?我呢？我得第幾名？」

玉皇大帝告訴牠來晚了，比賽已經結束。這時，小貓咪氣到極點，以為小老鼠故意不叫牠，因此伸出了利爪，往小老鼠抓去。原本是好朋友的小老鼠，雖然在十二生肖中拔得了頭籌，從此卻過著提心吊膽的日子，生怕貓咪隨時找牠報仇。所以每當遇上了貓咪，只有死命地竄逃，甚至躲在牆洞裏或天花板上，不敢隨意到處自由活動。

卻也有人認為是小老鼠故意不叫小貓咪，便說：「這就是做了虧心事應得的報應。」

經過這場比賽，十二生肖各有其生理缺陷。依明葉世傑「草木子」：鼠無牙（《說文》段註:兩旁曰牙，鼠缺犬牙），牛無齒（《說文》段註：當中曰齒），即門牙），虎無脾，兔無唇，龍無耳，蛇無足，馬無膽，羊無瞳，猴無臀，雞無腎，犬無胃，豬無筋，人則無不足也。^註[4]